icm-pro 3.93是一款功能強(qiáng)大的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析和桌面建模軟件！提供與蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（PDB）的直接鏈接，方便生物學(xué)家更快的進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析。能夠更好的查找和識(shí)別任何一種蛋白質(zhì)。交互式編輯器讓用戶能夠更好的進(jìn)行編輯和修改操作。此外，還提供警惕分析工具，準(zhǔn)確全面的評估PDB文件中包含的底層晶體學(xué)信息。也提供獨(dú)特的工具將完全連續(xù)的柔性小分子配體與網(wǎng)格相互作用電位表示的蛋白質(zhì)對接。包含經(jīng)過充分驗(yàn)證且成功的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對接算法，準(zhǔn)確的進(jìn)行預(yù)測和分析操作，全新破解版下載，歡迎需要此款工具的朋友前來下載使用。

功能特色

1、結(jié)構(gòu)分析。

ICM-Pro提供與蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（PDB）的直接鏈接。下載結(jié)構(gòu)后，您可以分析結(jié)構(gòu)-構(gòu)建拉馬錢德蘭圖，疊加多個(gè)結(jié)構(gòu)，分析距離和角度，計(jì)算接觸和表面積，顯示氫鍵，構(gòu)建靜電表面并計(jì)算配體結(jié)合口袋。

2、ICM袖珍查找器。

ICM袖珍查找器是一種識(shí)別任何蛋白質(zhì)，DNA或RNA結(jié)構(gòu)中的配體結(jié)合位點(diǎn)的方法。根據(jù)受體范德華相互作用的網(wǎng)格電位圖鑒定蛋白質(zhì)-配體結(jié)合位點(diǎn)，并且表面輪廓化。然后計(jì)算口袋的物理性質(zhì)并制成表格，并提供藥物相似性評分。

3、ICM 3D交互式編輯器。

交互式編輯受體結(jié)合袋內(nèi)的化學(xué)物質(zhì)。修改原子和基團(tuán)，并查看變化對配體結(jié)合能和分?jǐn)?shù)的影響。重新對接并最小化配體...

4、晶體分析工具。

了解蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的關(guān)鍵是全面評估PDB文件中包含的底層晶體學(xué)信息。例如，重要的是要了解蛋白質(zhì)的完整生物學(xué)單位，以確定晶體-晶體接觸是否影響了結(jié)構(gòu)，或者您可能想要勾勒電子密度，以查看晶體學(xué)家在活性位點(diǎn)看到了多少配體。

5、小分子對接。

ICM-Pro為蛋白質(zhì)/配體相互作用的建模提供了一套獨(dú)特的工具。ICM-Pro可快速準(zhǔn)確地將完全連續(xù)的柔性小分子配體與網(wǎng)格相互作用電位表示的蛋白質(zhì)對接。還有一些內(nèi)置程序來解釋誘導(dǎo)擬合包括多受體對接（4D對接）和顯式受體對接。

6、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對接。

ICM-Pro包含經(jīng)過充分驗(yàn)證且成功的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對接算法。ICM-Pro在全球CAPRI蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對接競賽中一直表現(xiàn)出色。ICM-Pro也包含用于預(yù)測蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對接相互作用位點(diǎn)的算法。

7、普羅塔克建模

自動(dòng)準(zhǔn)確地模擬靶蛋白-PROTAC分子-連接酶的三方復(fù)合物。

8、蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測。

ICM-Pro在蛋白質(zhì)建模方面有著良好的記錄。有一些程序?qū)⒁?guī)范或建立骨干，動(dòng)搖全球能源的側(cè)鏈和循環(huán)優(yōu)化。您還可以執(zhí)行小肽折疊的模擬。

9、預(yù)測突變的影響

預(yù)測突變對蛋白質(zhì)穩(wěn)定性和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)-肽和蛋白質(zhì)-配體結(jié)合的影響。

10、生物信息學(xué)工具。

ICM-Pro軟件包包含ICM-Bio中的所有工具，允許您使用高質(zhì)量的全局成對和多種比對算法搜索序列數(shù)據(jù)庫，并執(zhí)行模式，原型和譜圖搜索。多序列比對速度快，算法生成進(jìn)化樹、主成分視圖、從序列到結(jié)構(gòu)的注釋轉(zhuǎn)移，螺紋和對齊可視化工具。

11、靜電。

任何大小的分子的泊松方程可以是使用不依賴于任何網(wǎng)格的邊界元算法高效求解，并使用精確的分析分子表面作為邊界。ICM-REBEL使用邊界計(jì)算分子的精確靜電勢元素算法并生成按電位著色的3D表面皮膚模型。求解具有電荷精確位置的分子的泊松方程。

12、化學(xué)工具。

有多種化學(xué)工具可用?；瘜W(xué)品可以草繪并在ICM分子編輯器中查看，并在化學(xué)電子表格中查看。

13、分子的圖形。

ICM-Pro包含ICM-Browser-Pro中的所有工具，這是完整而強(qiáng)大的圖形工具陣列，都可以從GUI界面訪問。用線、CPK、球棒、蠕蟲、帶狀、可觸及表面、透明分子表面、透視、深度提示、光滑堅(jiān)固的固體表面。同時(shí)使用硬件、并排和浮雕立體聲。

安裝激活教程

1、在本站下載并解壓，如圖所示

2、安裝程序，勾選我接受許可證協(xié)議條款

3、安裝目錄設(shè)置

4、安裝完成，將許可證文件復(fù)制到安裝目錄中

新功能

1、新的千兆搜索庫可用

Enamine Real（5億種化學(xué)品）和ZINC2現(xiàn)在可以通過MolCart Giga搜索或ICM通過化學(xué)品搜索窗口獲得。

2、扭轉(zhuǎn)曲線神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測引擎

此工具可與GUI中的旋轉(zhuǎn)扭轉(zhuǎn)工具和ICM 3D配體編輯器一起使用。這里有一個(gè)免費(fèi)的在線演示版本，你可以在這里閱讀更多。JCIM將很快發(fā)表一篇描述這種方法的論文。

3、配體的質(zhì)子化態(tài)與pH

值您可以使用MolSoft的pKa模型對質(zhì)子化態(tài)與pH值進(jìn)行以下分析：

繪圖濃度與pH值的關(guān)系

繪圖費(fèi)用與pH值的關(guān)系

列出pH值下的物種

4、新的壓縮篩選數(shù)據(jù)庫-大幅縮小尺寸并提高效率

新的GIGA大小的文庫可用于使用RIDE進(jìn)行篩選，包括：NIH-SAVI，Enamine REAL，WUXI Galaxi。新的RIDE格式數(shù)據(jù)庫的下載鏈接在這里。

RIDE現(xiàn)在支持從GUI或命令行一次運(yùn)行篩選多個(gè)數(shù)據(jù)庫。

引入了壓縮的新RIDE數(shù)據(jù)庫格式，該格式使用的磁盤空間減少了~4-6倍，讀取速度更快。

5、自動(dòng)化PROTAC建模PROTAC

正在吸引人們對調(diào)節(jié)藥物靶標(biāo)的極大興趣。在最新版本的ICM中，您可以自動(dòng)模擬靶蛋白和E3泛素連接酶與PROTAC分子之間的相互作用。建模可在GUI中或通過protacModel.icm腳本獲得。

6、肽對接

開發(fā)了用于肽對接和篩選的新GUI界面。其他新功能包括：

具有非天然氨基酸修飾的擴(kuò)展.se多肽序列格式，例如TRP{hz3_F}是5-氟色氨酸。Format還支持殘?jiān)?殘?jiān)宦?lián)“訂書釘”的建模。

二級結(jié)構(gòu)偏差或約束，例如，在對接期間可以保持肽α-螺旋。

7、GPU加速分子動(dòng)力學(xué)（MD）

具有GPU加速的MD包含在版本3.9-3（Win，僅限Linux）中，它使用OpenMM中的函數(shù)

8、按蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)相似性

搜索PDB搜索查詢蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、口袋或折疊，并比較與PDB中其他結(jié)構(gòu)的相似性。報(bào)告了類似蛋白質(zhì)的完全交互式命中列表。

9、組織感受組學(xué)組織感受組學(xué)

（HR）平臺(tái)由GeneCentrix開發(fā)，報(bào)告藥物分子的組織特異性分析。它是一個(gè)獨(dú)特的生物信息學(xué)平臺(tái)，旨在識(shí)別活性機(jī)制并預(yù)測化學(xué)物質(zhì)在靶組織和脫靶組織中可能產(chǎn)生的不可預(yù)見的影響。新的ICM版本具有人力資源平臺(tái)的交互式界面和分析工具。

10、新的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)虛擬篩選分?jǐn)?shù)，用于在對接篩選和3D配體優(yōu)化

中獲得更好的化合物排名RTCNN評分是MolSoft為基于結(jié)構(gòu)的對接和篩選而開發(fā)的新神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)評分。RTCNN是一個(gè)C卷積N eural Net，包括執(zhí)行Topological（化學(xué)圖）卷積和3D R無位卷積的層。

11、原子屬性字段-基于配體的篩選

_chemSuper中添加了一些新選項(xiàng)，包括僅用于形狀匹配的-shape，以及用于匹配剛性的選項(xiàng)已添加到GUI中。

12、Pi-Pi相互作用。

顯示分子中的Pi-Pi相互作用

閱讀感興趣的分子。

單擊支付選項(xiàng)卡中的Pi-Pi交互按鈕。見下圖。

所有pi-pi交互都將在顯示屏中顯示為虛線，并列在ICM工作區(qū)中。

您可以通過單擊并按住pi-pi交互按鈕來更改pi-pi最大距離參數(shù)。

使用幫助

轉(zhuǎn)換為ICM對象

1、加載蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)

有幾種方法可以讀取ICM的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。

使用“搜索”選項(xiàng)卡搜索PDB。

加載已使用“文件/打開”保存在計(jì)算機(jī)上的PDB文件。

2、將PDB文件轉(zhuǎn)換為ICM對象

如果要在ICM中進(jìn)行任何類型的能量計(jì)算（例如對接，顯示H鍵，顯示靜電和結(jié)合性能表面等），則必須將蛋白質(zhì)或化學(xué)物質(zhì)轉(zhuǎn)換為ICM對象。請注意，由于內(nèi)部坐標(biāo)系的性質(zhì)，在轉(zhuǎn)換時(shí)，ICM會(huì)添加缺失的側(cè)鏈原子（但不會(huì)嘗試構(gòu)建缺失的環(huán)）。添加的殘基/原子列表顯示在命令行shell中，可以查看。作為參考，原始PDB條目保存在系統(tǒng)中。有關(guān)轉(zhuǎn)換過程的更完整描述，請參閱命令行手冊。

注意：在將蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換為ICM對象之前，請確保結(jié)構(gòu)中包含的化學(xué)物質(zhì)（例如配體）是正確的。如果發(fā)現(xiàn)錯(cuò)誤，您可以按照此處所述編輯配體。

要將PDB結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換為ICM對象，請執(zhí)行以下步驟：

在ICM工作區(qū)中右鍵單擊要轉(zhuǎn)換的蛋白質(zhì)的名稱。

將顯示一個(gè)對話框，如下所示。

如果要?jiǎng)h除水分子，請選擇“刪除水域”

如果要優(yōu)化氫原子（推薦用于重要工作），請選擇優(yōu)化氫。此選項(xiàng)對氫進(jìn)行全局優(yōu)化，以找到最佳的氫鍵網(wǎng)絡(luò)。

如果要優(yōu)化His、Pro、Asn、Gln、Cys殘基的方向，請選擇optimizeHisProAsnGlnCys。以下殘基將進(jìn)一步優(yōu)化：將嘗試他的-三種質(zhì)子化狀態(tài)和兩次旋轉(zhuǎn)，殘基將根據(jù)其亞型重命名：hie（ε互變異構(gòu)體）或髖關(guān)節(jié)（+）。Asn和Gln-（將嘗試180度翻轉(zhuǎn)）。Cys-在Zn，Cu，F(xiàn)e和Co附近到cym。

如果要保留PDB文件的副本，請取消選中選項(xiàng)替換原始文件。

轉(zhuǎn)換后的結(jié)構(gòu)可以通過檢查顯示結(jié)果立即顯示

如果您希望ICM構(gòu)建PDB中未報(bào)告的缺失重原子（由于缺乏密度），請取消選中隱藏缺失側(cè)鏈框，它們將根據(jù)殘基名稱添加并分配零占用。如果要隱藏缺少重原子的殘基，請選中此框。

如果您的對象是ICM對象，它將在ICM工作區(qū)中的分子旁邊顯示ICM。

3、如何編輯化學(xué)品并將其從PDB轉(zhuǎn)換為ICM對象

蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫沒有存儲(chǔ)任何關(guān)于共價(jià)鍵類型和與蛋白質(zhì)相互作用的化合物的正式電荷的信息！這種疏忽使得不可能自動(dòng)將這些分子轉(zhuǎn)化為任何合理的分子，并且需要您在pdb條目中手動(dòng)交互式分配每種化合物的鍵類型和正式電荷。因此，如果將轉(zhuǎn)換命令應(yīng)用于帶有配體的pdb條目，配體將變成一些無法進(jìn)一步構(gòu)象優(yōu)化的殘缺不完全分子。

因此，請按照以下步驟將化學(xué)品從pdb形式正確轉(zhuǎn)換為正確的icm對象。有兩種方法可以通過ICM工作區(qū)（推薦）或通過圖形顯示來執(zhí)行此操作。

1）使用ICM工作區(qū)從PDB轉(zhuǎn)換化學(xué)品：

文件/打開.PDB

通過展開分子樹在ICM工作區(qū)中查看配體（見下文）。

更改保證金訂單：

通過選擇債券（以紅色突出顯示）更改債券訂單。

右鍵單擊并選擇所需的債券，如下所示。

注意：提供鍵盤快捷鍵以加快編輯速度。

改變原子和電荷：

通過選擇原子（以紅色突出顯示）來更改原子或電荷。

右鍵并選擇所需的原子或電荷，如下所示。

注意：提供鍵盤快捷鍵以加快編輯速度。

在MMFF力場中轉(zhuǎn)換為3D：

對配體進(jìn)行更改后-右鍵單擊ICM工作區(qū)中的配體名稱，然后選擇從對象移動(dòng)。

通過在ICM工作區(qū)中雙擊選擇配體。

選擇分子力學(xué)/ICM轉(zhuǎn)化/化學(xué)

注意：如果您需要添加額外的鍵，則需要使用完整的分子編輯器。右鍵單擊ICM工作區(qū)中的配體名稱，然后選擇編輯/編輯化合物。

2）如何使用圖形顯示從PDB轉(zhuǎn)換化學(xué)品

通過右鍵單擊導(dǎo)線表示按鈕以導(dǎo)線化學(xué)樣式模式顯示分子（請參閱導(dǎo)線表示部分）。

要更改配體中的鍵類型：

單擊MolMechanics/編輯結(jié)構(gòu)/設(shè)置鍵類型，將顯示設(shè)置化學(xué)鍵類型數(shù)據(jù)輸入框。

您可以使用矩形或套索選擇按鈕選擇（請參閱選擇菜單部分）要以圖形方式更改的原子，或者

您可以選擇“按兩個(gè)原子”選項(xiàng)卡，右鍵單擊要更改的原子，然后用鼠標(biāo)左鍵選擇原子描述符，如下所示。

選擇所需的鍵類型，可以是單鍵、雙鍵、三鍵還是芳香鍵。

要設(shè)置化合物的正式電荷：

單擊MolMechanics/編輯結(jié)構(gòu)/設(shè)置正式電荷，然后選擇適當(dāng)?shù)碾姾伞?/p>

最后一步是將化合物轉(zhuǎn)換為ICM對象：

選擇化學(xué)品（圖形顯示中的綠色叉號(hào)）。

分子力學(xué)/ICM轉(zhuǎn)化/化學(xué)