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詳情介紹
icm-pro 3.93是一款功能強(qiáng)大的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析和桌面建模軟件!提供與蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)(PDB)的直接鏈接,方便生物學(xué)家更快的進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析。能夠更好的查找和識(shí)別任何一種蛋白質(zhì)。交互式編輯器讓用戶能夠更好的進(jìn)行編輯和修改操作。此外,還提供警惕分析工具,準(zhǔn)確全面的評(píng)估PDB文件中包含的底層晶體學(xué)信息。也提供獨(dú)特的工具將完全連續(xù)的柔性小分子配體與網(wǎng)格相互作用電位表示的蛋白質(zhì)對(duì)接。包含經(jīng)過(guò)充分驗(yàn)證且成功的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接算法,準(zhǔn)確的進(jìn)行預(yù)測(cè)和分析操作,全新破解版下載,歡迎需要此款工具的朋友前來(lái)下載使用。
功能特色
1、結(jié)構(gòu)分析。
ICM-Pro提供與蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)(PDB)的直接鏈接。下載結(jié)構(gòu)后,您可以分析結(jié)構(gòu)-構(gòu)建拉馬錢德蘭圖,疊加多個(gè)結(jié)構(gòu),分析距離和角度,計(jì)算接觸和表面積,顯示氫鍵,構(gòu)建靜電表面并計(jì)算配體結(jié)合口袋。
2、ICM袖珍查找器。
ICM袖珍查找器是一種識(shí)別任何蛋白質(zhì),DNA或RNA結(jié)構(gòu)中的配體結(jié)合位點(diǎn)的方法。根據(jù)受體范德華相互作用的網(wǎng)格電位圖鑒定蛋白質(zhì)-配體結(jié)合位點(diǎn),并且表面輪廓化。然后計(jì)算口袋的物理性質(zhì)并制成表格,并提供藥物相似性評(píng)分。
3、ICM 3D交互式編輯器。
交互式編輯受體結(jié)合袋內(nèi)的化學(xué)物質(zhì)。修改原子和基團(tuán),并查看變化對(duì)配體結(jié)合能和分?jǐn)?shù)的影響。重新對(duì)接并最小化配體...
4、晶體分析工具。
了解蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的關(guān)鍵是全面評(píng)估PDB文件中包含的底層晶體學(xué)信息。例如,重要的是要了解蛋白質(zhì)的完整生物學(xué)單位,以確定晶體-晶體接觸是否影響了結(jié)構(gòu),或者您可能想要勾勒電子密度,以查看晶體學(xué)家在活性位點(diǎn)看到了多少配體。
5、小分子對(duì)接。
ICM-Pro為蛋白質(zhì)/配體相互作用的建模提供了一套獨(dú)特的工具。ICM-Pro可快速準(zhǔn)確地將完全連續(xù)的柔性小分子配體與網(wǎng)格相互作用電位表示的蛋白質(zhì)對(duì)接。還有一些內(nèi)置程序來(lái)解釋誘導(dǎo)擬合包括多受體對(duì)接(4D對(duì)接)和顯式受體對(duì)接。
6、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接。
ICM-Pro包含經(jīng)過(guò)充分驗(yàn)證且成功的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接算法。ICM-Pro在全球CAPRI蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接競(jìng)賽中一直表現(xiàn)出色。ICM-Pro也包含用于預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接相互作用位點(diǎn)的算法。
7、普羅塔克建模
自動(dòng)準(zhǔn)確地模擬靶蛋白-PROTAC分子-連接酶的三方復(fù)合物。
8、蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)。
ICM-Pro在蛋白質(zhì)建模方面有著良好的記錄。有一些程序?qū)⒁?guī)范或建立骨干,動(dòng)搖全球能源的側(cè)鏈和循環(huán)優(yōu)化。您還可以執(zhí)行小肽折疊的模擬。
9、預(yù)測(cè)突變的影響
預(yù)測(cè)突變對(duì)蛋白質(zhì)穩(wěn)定性和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)-肽和蛋白質(zhì)-配體結(jié)合的影響。
10、生物信息學(xué)工具。
ICM-Pro軟件包包含ICM-Bio中的所有工具,允許您使用高質(zhì)量的全局成對(duì)和多種比對(duì)算法搜索序列數(shù)據(jù)庫(kù),并執(zhí)行模式,原型和譜圖搜索。多序列比對(duì)速度快,算法生成進(jìn)化樹、主成分視圖、從序列到結(jié)構(gòu)的注釋轉(zhuǎn)移,螺紋和對(duì)齊可視化工具。
11、靜電。
任何大小的分子的泊松方程可以是使用不依賴于任何網(wǎng)格的邊界元算法高效求解,并使用精確的分析分子表面作為邊界。ICM-REBEL使用邊界計(jì)算分子的精確靜電勢(shì)元素算法并生成按電位著色的3D表面皮膚模型。求解具有電荷精確位置的分子的泊松方程。
12、化學(xué)工具。
有多種化學(xué)工具可用?;瘜W(xué)品可以草繪并在ICM分子編輯器中查看,并在化學(xué)電子表格中查看。
13、分子的圖形。
ICM-Pro包含ICM-Browser-Pro中的所有工具,這是完整而強(qiáng)大的圖形工具陣列,都可以從GUI界面訪問(wèn)。用線、CPK、球棒、蠕蟲、帶狀、可觸及表面、透明分子表面、透視、深度提示、光滑堅(jiān)固的固體表面。同時(shí)使用硬件、并排和浮雕立體聲。
安裝激活教程
1、在本站下載并解壓,如圖所示
2、安裝程序,勾選我接受許可證協(xié)議條款
3、安裝目錄設(shè)置
4、安裝完成,將許可證文件復(fù)制到安裝目錄中
新功能
1、新的千兆搜索庫(kù)可用
Enamine Real(5億種化學(xué)品)和ZINC2現(xiàn)在可以通過(guò)MolCart Giga搜索或ICM通過(guò)化學(xué)品搜索窗口獲得。
2、扭轉(zhuǎn)曲線神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)引擎
此工具可與GUI中的旋轉(zhuǎn)扭轉(zhuǎn)工具和ICM 3D配體編輯器一起使用。這里有一個(gè)免費(fèi)的在線演示版本,你可以在這里閱讀更多。JCIM將很快發(fā)表一篇描述這種方法的論文。
3、配體的質(zhì)子化態(tài)與pH
值您可以使用MolSoft的pKa模型對(duì)質(zhì)子化態(tài)與pH值進(jìn)行以下分析:
繪圖濃度與pH值的關(guān)系
繪圖費(fèi)用與pH值的關(guān)系
列出pH值下的物種
4、新的壓縮篩選數(shù)據(jù)庫(kù)-大幅縮小尺寸并提高效率
新的GIGA大小的文庫(kù)可用于使用RIDE進(jìn)行篩選,包括:NIH-SAVI,Enamine REAL,WUXI Galaxi。新的RIDE格式數(shù)據(jù)庫(kù)的下載鏈接在這里。
RIDE現(xiàn)在支持從GUI或命令行一次運(yùn)行篩選多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)。
引入了壓縮的新RIDE數(shù)據(jù)庫(kù)格式,該格式使用的磁盤空間減少了~4-6倍,讀取速度更快。
5、自動(dòng)化PROTAC建模PROTAC
正在吸引人們對(duì)調(diào)節(jié)藥物靶標(biāo)的極大興趣。在最新版本的ICM中,您可以自動(dòng)模擬靶蛋白和E3泛素連接酶與PROTAC分子之間的相互作用。建??稍贕UI中或通過(guò)protacModel.icm腳本獲得。
6、肽對(duì)接
開發(fā)了用于肽對(duì)接和篩選的新GUI界面。其他新功能包括:
具有非天然氨基酸修飾的擴(kuò)展.se多肽序列格式,例如TRP{hz3_F}是5-氟色氨酸。Format還支持殘?jiān)?殘?jiān)宦?lián)“訂書釘”的建模。
二級(jí)結(jié)構(gòu)偏差或約束,例如,在對(duì)接期間可以保持肽α-螺旋。
7、GPU加速分子動(dòng)力學(xué)(MD)
具有GPU加速的MD包含在版本3.9-3(Win,僅限Linux)中,它使用OpenMM中的函數(shù)
8、按蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)相似性
搜索PDB搜索查詢蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、口袋或折疊,并比較與PDB中其他結(jié)構(gòu)的相似性。報(bào)告了類似蛋白質(zhì)的完全交互式命中列表。
9、組織感受組學(xué)組織感受組學(xué)
(HR)平臺(tái)由GeneCentrix開發(fā),報(bào)告藥物分子的組織特異性分析。它是一個(gè)獨(dú)特的生物信息學(xué)平臺(tái),旨在識(shí)別活性機(jī)制并預(yù)測(cè)化學(xué)物質(zhì)在靶組織和脫靶組織中可能產(chǎn)生的不可預(yù)見的影響。新的ICM版本具有人力資源平臺(tái)的交互式界面和分析工具。
10、新的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)虛擬篩選分?jǐn)?shù),用于在對(duì)接篩選和3D配體優(yōu)化
中獲得更好的化合物排名RTCNN評(píng)分是MolSoft為基于結(jié)構(gòu)的對(duì)接和篩選而開發(fā)的新神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)評(píng)分。RTCNN是一個(gè)C卷積N eural Net,包括執(zhí)行Topological(化學(xué)圖)卷積和3D R無(wú)位卷積的層。
11、原子屬性字段-基于配體的篩選
_chemSuper中添加了一些新選項(xiàng),包括僅用于形狀匹配的-shape,以及用于匹配剛性的選項(xiàng)已添加到GUI中。
12、Pi-Pi相互作用。
顯示分子中的Pi-Pi相互作用
閱讀感興趣的分子。
單擊支付選項(xiàng)卡中的Pi-Pi交互按鈕。見下圖。
所有pi-pi交互都將在顯示屏中顯示為虛線,并列在ICM工作區(qū)中。
您可以通過(guò)單擊并按住pi-pi交互按鈕來(lái)更改pi-pi最大距離參數(shù)。
使用幫助
轉(zhuǎn)換為ICM對(duì)象
1、加載蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)
有幾種方法可以讀取ICM的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。
使用“搜索”選項(xiàng)卡搜索PDB。
加載已使用“文件/打開”保存在計(jì)算機(jī)上的PDB文件。
2、將PDB文件轉(zhuǎn)換為ICM對(duì)象
如果要在ICM中進(jìn)行任何類型的能量計(jì)算(例如對(duì)接,顯示H鍵,顯示靜電和結(jié)合性能表面等),則必須將蛋白質(zhì)或化學(xué)物質(zhì)轉(zhuǎn)換為ICM對(duì)象。請(qǐng)注意,由于內(nèi)部坐標(biāo)系的性質(zhì),在轉(zhuǎn)換時(shí),ICM會(huì)添加缺失的側(cè)鏈原子(但不會(huì)嘗試構(gòu)建缺失的環(huán))。添加的殘基/原子列表顯示在命令行shell中,可以查看。作為參考,原始PDB條目保存在系統(tǒng)中。有關(guān)轉(zhuǎn)換過(guò)程的更完整描述,請(qǐng)參閱命令行手冊(cè)。
注意:在將蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換為ICM對(duì)象之前,請(qǐng)確保結(jié)構(gòu)中包含的化學(xué)物質(zhì)(例如配體)是正確的。如果發(fā)現(xiàn)錯(cuò)誤,您可以按照此處所述編輯配體。
要將PDB結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換為ICM對(duì)象,請(qǐng)執(zhí)行以下步驟:
在ICM工作區(qū)中右鍵單擊要轉(zhuǎn)換的蛋白質(zhì)的名稱。
將顯示一個(gè)對(duì)話框,如下所示。
如果要?jiǎng)h除水分子,請(qǐng)選擇“刪除水域”
如果要優(yōu)化氫原子(推薦用于重要工作),請(qǐng)選擇優(yōu)化氫。此選項(xiàng)對(duì)氫進(jìn)行全局優(yōu)化,以找到最佳的氫鍵網(wǎng)絡(luò)。
如果要優(yōu)化His、Pro、Asn、Gln、Cys殘基的方向,請(qǐng)選擇optimizeHisProAsnGlnCys。以下殘基將進(jìn)一步優(yōu)化:將嘗試他的-三種質(zhì)子化狀態(tài)和兩次旋轉(zhuǎn),殘基將根據(jù)其亞型重命名:hie(ε互變異構(gòu)體)或髖關(guān)節(jié)(+)。Asn和Gln-(將嘗試180度翻轉(zhuǎn))。Cys-在Zn,Cu,F(xiàn)e和Co附近到cym。
如果要保留PDB文件的副本,請(qǐng)取消選中選項(xiàng)替換原始文件。
轉(zhuǎn)換后的結(jié)構(gòu)可以通過(guò)檢查顯示結(jié)果立即顯示
如果您希望ICM構(gòu)建PDB中未報(bào)告的缺失重原子(由于缺乏密度),請(qǐng)取消選中隱藏缺失側(cè)鏈框,它們將根據(jù)殘基名稱添加并分配零占用。如果要隱藏缺少重原子的殘基,請(qǐng)選中此框。
如果您的對(duì)象是ICM對(duì)象,它將在ICM工作區(qū)中的分子旁邊顯示ICM。
3、如何編輯化學(xué)品并將其從PDB轉(zhuǎn)換為ICM對(duì)象
蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)沒(méi)有存儲(chǔ)任何關(guān)于共價(jià)鍵類型和與蛋白質(zhì)相互作用的化合物的正式電荷的信息!這種疏忽使得不可能自動(dòng)將這些分子轉(zhuǎn)化為任何合理的分子,并且需要您在pdb條目中手動(dòng)交互式分配每種化合物的鍵類型和正式電荷。因此,如果將轉(zhuǎn)換命令應(yīng)用于帶有配體的pdb條目,配體將變成一些無(wú)法進(jìn)一步構(gòu)象優(yōu)化的殘缺不完全分子。
因此,請(qǐng)按照以下步驟將化學(xué)品從pdb形式正確轉(zhuǎn)換為正確的icm對(duì)象。有兩種方法可以通過(guò)ICM工作區(qū)(推薦)或通過(guò)圖形顯示來(lái)執(zhí)行此操作。
1)使用ICM工作區(qū)從PDB轉(zhuǎn)換化學(xué)品:
文件/打開.PDB
通過(guò)展開分子樹在ICM工作區(qū)中查看配體(見下文)。
更改保證金訂單:
通過(guò)選擇債券(以紅色突出顯示)更改債券訂單。
右鍵單擊并選擇所需的債券,如下所示。
注意:提供鍵盤快捷鍵以加快編輯速度。
改變?cè)雍碗姾桑?/p>
通過(guò)選擇原子(以紅色突出顯示)來(lái)更改原子或電荷。
右鍵并選擇所需的原子或電荷,如下所示。
注意:提供鍵盤快捷鍵以加快編輯速度。
在MMFF力場(chǎng)中轉(zhuǎn)換為3D:
對(duì)配體進(jìn)行更改后-右鍵單擊ICM工作區(qū)中的配體名稱,然后選擇從對(duì)象移動(dòng)。
通過(guò)在ICM工作區(qū)中雙擊選擇配體。
選擇分子力學(xué)/ICM轉(zhuǎn)化/化學(xué)
注意:如果您需要添加額外的鍵,則需要使用完整的分子編輯器。右鍵單擊ICM工作區(qū)中的配體名稱,然后選擇編輯/編輯化合物。
2)如何使用圖形顯示從PDB轉(zhuǎn)換化學(xué)品
通過(guò)右鍵單擊導(dǎo)線表示按鈕以導(dǎo)線化學(xué)樣式模式顯示分子(請(qǐng)參閱導(dǎo)線表示部分)。
要更改配體中的鍵類型:
單擊MolMechanics/編輯結(jié)構(gòu)/設(shè)置鍵類型,將顯示設(shè)置化學(xué)鍵類型數(shù)據(jù)輸入框。
您可以使用矩形或套索選擇按鈕選擇(請(qǐng)參閱選擇菜單部分)要以圖形方式更改的原子,或者
您可以選擇“按兩個(gè)原子”選項(xiàng)卡,右鍵單擊要更改的原子,然后用鼠標(biāo)左鍵選擇原子描述符,如下所示。
選擇所需的鍵類型,可以是單鍵、雙鍵、三鍵還是芳香鍵。
要設(shè)置化合物的正式電荷:
單擊MolMechanics/編輯結(jié)構(gòu)/設(shè)置正式電荷,然后選擇適當(dāng)?shù)碾姾伞?/p>
最后一步是將化合物轉(zhuǎn)換為ICM對(duì)象:
選擇化學(xué)品(圖形顯示中的綠色叉號(hào))。
分子力學(xué)/ICM轉(zhuǎn)化/化學(xué)
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