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詳情介紹
Arlequin是款專業(yè)的人類遺傳學(xué)數(shù)據(jù)分析軟件。有遺傳學(xué)有興趣的用戶可以通過軟件對(duì)統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)中信息的挖掘,可進(jìn)行AMOVA計(jì)算、中性檢驗(yàn)、錯(cuò)配分布等。Arlequin集成了單倍型頻率估計(jì)、Tajima中性檢驗(yàn)、Fu中性檢驗(yàn)以及遺傳距離的估計(jì)等功能。這樣就能夠準(zhǔn)確有效的對(duì)人類遺傳學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘。感興趣的朋友快來下載使用吧。
軟件特色
1.Molecular diversity(分子多態(tài)性);
2.Mismatch distribution(錯(cuò)配分布);
3.Haplotype frequency estimation(單倍型頻率估計(jì));
4.Linkage disequilibrium(連鎖不平衡:檢測(cè)不同位點(diǎn)上等位基因的非隨機(jī)關(guān)聯(lián));
5.Hardy-Weinberg equilibrium(哈溫—伯格平衡);
6.Tajima`s neutrality test(Tajima中性檢驗(yàn));
7.Fu`s neutrality test(Fu中性檢驗(yàn));
8.Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性檢驗(yàn));
9.Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合檢驗(yàn),檢測(cè)人群的均一性或同質(zhì)性和中性選擇等);
10.Minimu Spanning Network(最小擴(kuò)張樹或稱之為最小支撐樹,,基于分子差異);
11.AMOVA 分子差異度分析,用以評(píng)測(cè)人群的遺傳結(jié)構(gòu);
12.Pairwise genetic distances (遺傳距離的估計(jì));
13.Exact test of population differentiation (檢測(cè)隨機(jī)交配群體單倍型的非隨機(jī)分布);
14.Assignment test of genotype (通過估計(jì)等位基因頻率將單個(gè)基因型分配到特定的人群中);
軟件介紹
Arlequin是一款專業(yè)的人類遺傳學(xué)數(shù)據(jù)分析軟件,這款軟件主要為從事醫(yī)學(xué)、生物學(xué)研究的用戶設(shè)計(jì),可以從遺傳學(xué)和人口統(tǒng)計(jì)學(xué)數(shù)據(jù)中中挖掘信息,例如:大量的分子序列數(shù)據(jù)和傳統(tǒng)的等基因頻率,并提供了很多的方法和統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn),能夠滿足用戶多種遺傳學(xué)分析方便的需求!集成了單倍型頻率估計(jì)、Tajima中性檢驗(yàn)、Fu中性檢驗(yàn)以及遺傳距離的估計(jì)等功能。這樣就能夠準(zhǔn)確有效的對(duì)人類遺傳學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘。還在等什么,對(duì)遺傳學(xué)有興趣的用戶可以通過軟件對(duì)統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)中信息的挖掘,可進(jìn)行AMOVA計(jì)算、中性檢驗(yàn)、錯(cuò)配分布等。
更新日志:
Arlequin v3.5.2.2
1、新功能:
直接從DNA序列數(shù)據(jù)計(jì)算位點(diǎn)頻譜,但僅基于次要等位基因頻譜的SFS計(jì)算
2、錯(cuò)誤更正:
無法打開批處理(.arb)文件
當(dāng)(假設(shè)祖先等位基因0)在一個(gè)站點(diǎn)不存在時(shí),SFS計(jì)算不良
由arlequin和fastsimcoal2生產(chǎn)的不同SFS(主要用于基于MAF的SFS)
如果文件名超過255個(gè)字符,則會(huì)出錯(cuò)
在arlequin日志文件中沒有提到SFS計(jì)算
下載地址
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