Cytoscape是款簡(jiǎn)單實(shí)用的生物信息分析軟件。用戶可以通過(guò)這款軟件整合模塊化網(wǎng)絡(luò)和生物科學(xué)聯(lián)系網(wǎng)絡(luò)圖的繪制，有喜歡的用戶不要錯(cuò)過(guò)了。

【使用說(shuō)明】

一、輸入文件

支持多種輸入格式，可以保存工程文件，支持多種布局的方式，支持導(dǎo)出圖像，樣式可以做豐富的調(diào)整，智能的選擇過(guò)濾。

1、 edge文件格式：

tsv（制表符分隔的txt是一樣的），csv（逗號(hào)分隔的），xls，xlsx文件等,一般兩種tsv文件就足夠我們使用了。下面就是一個(gè)典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原節(jié)點(diǎn)，第三列是目標(biāo)節(jié)點(diǎn)，第二列是兩者的相互作用關(guān)系，這里的作用關(guān)系標(biāo)示了不同類型，在后面的網(wǎng)絡(luò)設(shè)置中大家可以看到它的妙處，而這里的source與target都是數(shù)字，怎樣轉(zhuǎn)換為我們想看到的基因名字呢，這里也是先留一個(gè)問(wèn)題，后面解釋。

2、 node屬性文件

可以導(dǎo)入，可以用來(lái)解決我們上面的問(wèn)題，將edge文件中的數(shù)字替換成可視化的簡(jiǎn)單的基因名字。

二、導(dǎo)入數(shù)據(jù)

可以點(diǎn)擊上面的物種名字選擇一個(gè)實(shí)例來(lái)學(xué)習(xí)，也可以直接選擇空的network用來(lái)導(dǎo)入數(shù)據(jù)，例如我選擇了Arabidopsis，就出現(xiàn)了如下的界面，圖示的是一個(gè)已經(jīng)做好的網(wǎng)絡(luò)的例子：

用戶界面

1、 導(dǎo)入數(shù)據(jù)

2、 導(dǎo)入屬性文件

3、 布局

三、高級(jí)功能

1、調(diào)整樣式

（1）基本樣式

（2）節(jié)點(diǎn)樣式

（3）邊樣式

2、改節(jié)點(diǎn)名稱

3、改邊的顏色

4、調(diào)控網(wǎng)絡(luò)各項(xiàng)指標(biāo)統(tǒng)計(jì)

得到的結(jié)果會(huì)出現(xiàn)在一個(gè)新的面板當(dāng)中：

5、改變節(jié)點(diǎn)大小

這里需要強(qiáng)調(diào)很重要的一點(diǎn)是，在對(duì)這里的改變節(jié)點(diǎn)大小進(jìn)行操作之前，如果是想通過(guò)節(jié)點(diǎn)連接的邊的數(shù)量進(jìn)行梯度設(shè)定的話，是必須要進(jìn)行上面第四步的統(tǒng)計(jì)分析的，否則沒(méi)有Degree選項(xiàng)出現(xiàn)：

雙擊上面梯度設(shè)置的區(qū)域可以出來(lái)控制面板進(jìn)行修改：

四、選擇過(guò)濾

1、節(jié)點(diǎn)的選擇

​2、子網(wǎng)絡(luò)的選擇與分離

六、導(dǎo)出圖片

數(shù)據(jù)的導(dǎo)出可以是網(wǎng)絡(luò)文件，表格文件或者是圖片文件，圖片文件包括多種圖片格式以及pdf格式，對(duì)比圖標(biāo)的形態(tài)，下圖所示的左側(cè)兩個(gè)是快速導(dǎo)入文件的圖標(biāo)：

生物信息分析軟件(Cytoscape)

七、表達(dá)分析

Cytoscape還可以導(dǎo)入基因的表達(dá)值，將不同的表達(dá)值進(jìn)行顏色的梯度展示，由于我的分析沒(méi)有這部分?jǐn)?shù)據(jù)所以將網(wǎng)絡(luò)上學(xué)到的圖片做了幾個(gè)截圖：

八、其它

Cytoscape提供了很多外接的數(shù)據(jù)庫(kù)，右鍵點(diǎn)擊相應(yīng)節(jié)點(diǎn)，出現(xiàn)的選項(xiàng)里面選擇externallinks，里面有以下所示連接的數(shù)據(jù)庫(kù)：

此外，基于大量功能強(qiáng)大的插件的開(kāi)發(fā)，以下的功能也很全面：

GO分析：BiNGO

Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等

模塊與復(fù)合物分析：jActiveModules+BiNGO