discovery studio 4.5免費(fèi)版是一款由biovia公司推出的綜合性分子建模和環(huán)境模擬軟件，這個(gè)可以說(shuō)是最新版本了，軟件兼容32位和64位操作系統(tǒng)，它為使用者提供了豐富的模塊供用戶選擇，并擁有先進(jìn)的算法和高質(zhì)量的圖形界面，新版本還加入了新的方法，增強(qiáng)了軟件兼容性，不過(guò)該軟件并無(wú)破解版，歡迎有需要的朋友們前來(lái)下載使用。

軟件特色

基本界面和顯示模塊

·Discovery Studio Standalone

可視化界面，是利用Discovery Studio軟件進(jìn)行分子設(shè)計(jì)和模擬的基礎(chǔ)，支持服務(wù)器-客戶端安裝在同一臺(tái)機(jī)器上的運(yùn)行模式。與Pipeline Pilot Server結(jié)合在一起，提供化學(xué)/生物學(xué)數(shù)據(jù)顯示、模擬/分析、構(gòu)建三維分子、展示動(dòng)態(tài)變化、三維作圖及許多其它功能。

·Discovery Studio Visualizer Client

是服務(wù)器-客戶端運(yùn)行模式中、客戶端的可視化界面，用于訪問(wèn)和使用服務(wù)器端的Discovery Studio軟件。必須與服務(wù)器端配置的Pipeline Pilot Server協(xié)同工作，為用戶提供無(wú)與倫比的數(shù)據(jù)、工作流程和計(jì)算資源共享。

蛋白質(zhì)模擬模塊

·DS MODELER

只要給出未知結(jié)構(gòu)序列與另一個(gè)已知三維結(jié)構(gòu)蛋白的比對(duì)，利用工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的快速同源模建方法，便可自動(dòng)并快速產(chǎn)生優(yōu)化的蛋白同源模型。對(duì)于靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)及蛋白家族功能結(jié)構(gòu)分析，MODELER是一個(gè)理想的解決方案。用MODELER還可以模擬蛋白突變，進(jìn)行l(wèi)oop區(qū)模建及基于結(jié)構(gòu)的比對(duì)并構(gòu)建有配體結(jié)合的蛋白結(jié)構(gòu)模型。結(jié)合Sequence Analysis模塊，可以全自動(dòng)完成抗體Loop區(qū)模建。結(jié)合Discovery Studio里模擬及以結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)的藥物設(shè)計(jì)的功能模塊，用MODELER還可以深入研究蛋白結(jié)構(gòu)及功能的關(guān)系。

·DS Protein Refine

利用CHARMm對(duì)模建好的蛋白質(zhì)進(jìn)行側(cè)鏈和loop區(qū)的優(yōu)化，提高蛋白質(zhì)模型的準(zhǔn)確性。

·DS Protein Health

蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)合理性評(píng)價(jià)工具。Protein Health模塊運(yùn)用Profiles 3D方法，通過(guò)將三維結(jié)構(gòu)的結(jié)構(gòu)環(huán)境與特定氨基酸殘基的優(yōu)先外界環(huán)境相比較，獲得相關(guān)結(jié)構(gòu)性質(zhì)與氨基酸序列信息之間的關(guān)系。通過(guò)Protein Health模塊的分析，用戶可以方便快速地找到蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中不合理的區(qū)域。

·DS Protein Families

通過(guò)分析某一蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三維結(jié)構(gòu)上的保守殘基的位置，可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能機(jī)制。Protein Families的簡(jiǎn)單易用的流程(protocols)，也可一步步地引導(dǎo)用戶進(jìn)行分析，從蛋白家族的序列或者結(jié)構(gòu)比對(duì)，到進(jìn)化蹤跡分析。而進(jìn)化蹤跡分析包括用分層聚類的方法來(lái)建立蛋白家族系統(tǒng)樹圖以及把這些得到的功能注釋信息畫到你的三維結(jié)構(gòu)上去。進(jìn)行序列比對(duì)時(shí)，允許根據(jù)需要對(duì)比對(duì)結(jié)果添加約束，提高活性部位關(guān)鍵殘基的比對(duì)效果。

·DS Sequence Analysis

與功能已知的其它蛋白的序列進(jìn)行比對(duì)，是確定某一蛋白生物功能的第一步。用Sequence Analysis也可以讓用戶通過(guò)通用的BLAST及PSI-BLAST算法來(lái)搜索本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)或者NCBI網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫(kù)，確定蛋白序列的同源區(qū)域。結(jié)果在交互的報(bào)告格式里面顯示以方便進(jìn)行進(jìn)一步的分析及在其它Discovery Studio模塊里面的使用。使用Blast搜索PDB或PDB_nr95數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)，結(jié)果文件中可以顯示輸出蛋白質(zhì)的SCOP ID, Ligand ID以及X射線分辨率等信息。

更新說(shuō)明

•與最新發(fā)布的Pipeline Pilot 9.5相兼容;

•新!新增Antibody Modeling Cascade模塊，該protocol可以基于一系列抗體輕鏈和重鏈序列快速構(gòu)建單個(gè)或多個(gè)抗體Fab區(qū)或Fv區(qū)的3D模型;

•新!新增Assign ForceField Types (Prototype)功能，為charmm36、charmm27和charmm22力場(chǎng)提供一種新的分配原子類型的方法，該方法將傳統(tǒng)的同模板基于名稱進(jìn)行匹配替代為基于結(jié)構(gòu)進(jìn)行匹配，一旦結(jié)構(gòu)匹配，即賦予相應(yīng)力場(chǎng);

•增加基于Web Viewer報(bào)告組件的WebGL原型，可以在瀏覽器中創(chuàng)建含3D交互式界面的HTML報(bào)告，無(wú)需安裝任何插件;

•2D Ligand Interaction Diagram功能可以支持Discovery Studio中所有的非鍵作用類型，并改進(jìn)了2D圖形的性能、可靠性和布局，可針對(duì)不同類型非鍵作用進(jìn)行有針對(duì)性的修改;

• Predict Protein Ionization and Residue pK模塊包含新的計(jì)算功能：

• 可以在特定pH和離子強(qiáng)度環(huán)境下形成一個(gè)全質(zhì)子化的分子模型;

• 基于pH環(huán)境計(jì)算分子的偶極矩;

•基于pH環(huán)境計(jì)算靜電勢(shì)對(duì)溶劑化和固態(tài)狀態(tài)之間溶劑能差異的貢獻(xiàn)，ΔΔGSolv;

• Annotate Antibody Sequence模塊可基于Chothia Canonical Loop定義方式注釋抗體序列的CDR區(qū)，并且可以識(shí)別出種系基因V和J基因可匹配的抗體VL和VH區(qū);

安裝教程

1、雙擊“DS45Client.exe”開始軟件的安裝

2、稍等一會(huì)兒進(jìn)入軟件安培訓(xùn)向?qū)?/p>

3、點(diǎn)擊next設(shè)置軟件安裝目錄，默認(rèn)為“C:\Program Files\BIOVIA\Discovery Studio 4.5\”

4、如下圖，點(diǎn)擊install安裝即可

5、完成后就可以運(yùn)行discovery studio 4.5了。