Accelrys Discovery Studio是由Accelrys官方推出的一款免費的分子建模環(huán)境，提供了蛋白質(zhì)的表征、同源建模、X-ray分析、基于結(jié)構(gòu)藥物設(shè)計工具等多種功能，通過高質(zhì)量的圖形集成的環(huán)境，可以將實驗數(shù)據(jù)的保存、管理和建模等，適用于計算生物學(xué)家，結(jié)構(gòu)生物學(xué)家、藥物化學(xué)家、實驗生物學(xué)家等，需要的朋友歡迎前來下載使用！

Accelrys Discovery Studio 2.5 安裝教程：

1.首先，需要獲取DS軟件，小木蟲是個好地方，現(xiàn)在已經(jīng)發(fā)布3.0版本，但是是收費的，有破解版，但是入門建議用穩(wěn)定的2.5版本。放鏈接容易被評為廣告，所以大家自己去小木蟲找資源吧。下載的壓縮包解壓縮后的內(nèi)容如下

2、雙擊setup.exe，彈出安裝界面

3、選擇modify模式安裝，下一步

4、選擇文件夾，因為我的C盤已經(jīng)滿滿登登的了，所以我安在了D盤

5、NEXT，可以選擇完全安裝選擇（complete），也可以選擇第一個，客戶登錄方式，建議complete，然后注冊。

6、接下來，就是next一路到最后，因為DS較大，從下載到全部安裝成功需要半天時間。然后在網(wǎng)上下載一個DS的注冊碼自動生成腳本，同樣，我沒法放鏈接，抱歉，注冊一個永久使用權(quán)。

7、全部完成后，就可以使用DS了

軟件功能：

1、基本界面和顯示模塊

·Discovery Studio 2.5 Standalone

可視化界面，是利用Discovery Studio軟件進行分子設(shè)計和模擬的基礎(chǔ)，支持服務(wù)器-客戶端安裝在同一臺機器上的運行模式。與Pipeline Pilot Server結(jié)合在一起，提供化學(xué)/生物學(xué)數(shù)據(jù)顯示、模擬/分析、構(gòu)建三維分子、展示動態(tài)變化、三維作圖及許多其它功能。

·Discovery Studio 2.5 Visualizer Client

是服務(wù)器-客戶端運行模式中、客戶端的可視化界面，用于訪問和使用服務(wù)器端的Discovery Studio軟件。必須與服務(wù)器端配置的Pipeline Pilot Server協(xié)同工作，為用戶提供無與倫比的數(shù)據(jù)、工作流程和計算資源共享。

2、蛋白質(zhì)模擬模塊

·DS MODELER

只要給出未知結(jié)構(gòu)序列與另一個已知三維結(jié)構(gòu)蛋白的比對，利用工業(yè)標準的快速同源模建方法，便可自動并快速產(chǎn)生優(yōu)化的蛋白同源模型。對于靶標發(fā)現(xiàn)及蛋白家族功能結(jié)構(gòu)分析，MODELER是一個理想的解決方案。用MODELER還可以模擬蛋白突變，進行l(wèi)oop區(qū)模建及基于結(jié)構(gòu)的比對并構(gòu)建有配體結(jié)合的蛋白結(jié)構(gòu)模型。結(jié)合Sequence Analysis模塊，可以全自動完成抗體Loop區(qū)模建。結(jié)合Discovery Studio里模擬及以結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)的藥物設(shè)計的功能模塊，用MODELER還可以深入研究蛋白結(jié)構(gòu)及功能的關(guān)系。

3、基于結(jié)構(gòu)的藥物發(fā)現(xiàn)和設(shè)計模塊

·DS Flexible Docking

受體柔性對接工具(Induced-Fit對接工具)，可以實現(xiàn)配體-受體雙柔性對接，模擬配體與受體結(jié)合時的誘導(dǎo)-契合效應(yīng)(induced-fit)。Flexible Docking模塊先對蛋白活性口袋的側(cè)鏈產(chǎn)生多個構(gòu)象，然后將配體對接到受體的活性口袋當中，最后對得到的配體-受體復(fù)合物結(jié)構(gòu)進行優(yōu)化。Flexible Docking最大的優(yōu)勢在于準確，可以精細地研究配體-受體的相互作用信息，適合于作用機理研究。需要DS CHARMm, DS LibDock, DS Catalyst Conformation, DS Protein Refine模塊支持。

·DS LigandFit

LigandFit模塊可以方便快速地將小分子化合物對接到生物大分子的活性位點中，是一個快速、靈活的分子對接程序，可以考慮配體結(jié)合取向、結(jié)合構(gòu)象以及形狀匹配等多種因素。LigandFit在高通量虛擬篩選時可并行計算。同時具有設(shè)置interaction filter的功能。

·DS LigandScore

discovery studio 2.5采用經(jīng)過驗證的打分函數(shù)以及特定的描述符，評價受體-配體間的相互作用。通過對LigandFit對接結(jié)果的分析，可幫助用戶確定結(jié)合模式方面可能存在的問題，區(qū)分正確或錯誤的結(jié)合構(gòu)象，把不同結(jié)合構(gòu)象的配體依次排序以供篩選或合成使用?？勺远x參數(shù)，可將所有設(shè)置保存并與其他使用者共享。LigandScore在高通量的虛擬篩選時也可并行計算。

4、基于藥效團的藥物發(fā)現(xiàn)和設(shè)計模塊

·DS Catalyst Conformation

多樣、完全且快速的構(gòu)象模型生成工具，可以選擇采用Polling或CAESAR算法生成構(gòu)象，生成的構(gòu)象用于產(chǎn)生藥效團模型或進行數(shù)據(jù)庫搜索。

·DS Catalyst Hypothesis

對一組化合物進行基于特性結(jié)構(gòu)的比對并自動生成藥效團模型的工具。這些特性結(jié)構(gòu)包括親疏水性基團、氫鍵給體/受體和正/負電荷基團等。產(chǎn)生藥效團模型時如果提供具體的活性數(shù)據(jù)，可以產(chǎn)生3D-QSAR藥效團并用之來預(yù)測新化合物的活性，如果在產(chǎn)生藥效團的過程中考慮排除體積，從而引入受體占有空間位阻的信息，精修后得到的藥效團模型可以提高預(yù)測能力;產(chǎn)生藥效團模型時如果不提供具體的活性數(shù)據(jù)，可根據(jù)化合物和藥效團疊合、匹配的情況對候選分子或三維數(shù)據(jù)庫搜尋結(jié)果的活性進行定性的評價。

5、基于小分子的藥物發(fā)現(xiàn)和設(shè)計模塊

·DS QSAR

定量構(gòu)效關(guān)系研究工具。discovery studio 2.5可以計算幾百種與生物活性或ADME/T性質(zhì)相關(guān)的描述符，包括分子拓撲描述符、分子指紋在內(nèi)的一系列基本性質(zhì)。還提供了多種統(tǒng)計工具，如Bayesian模型、多元線形回歸、最小二乘法等，用于對各種復(fù)雜數(shù)據(jù)進行建模和數(shù)據(jù)挖掘。

·GFA Component

遺傳算法建模組件，可通過DS QSAR或Pipeline Pilot調(diào)用。

·VAMP Descriptors Component/ DMol3 Descriptors Component

使用半經(jīng)驗量子力學(xué)程序VAMP及DFT量子力學(xué)程序DMol3進行化合物性質(zhì)描述符計算的組件。

6、分子力學(xué)和分子動力學(xué)計算模塊

·DS CHARMm

利用這個工業(yè)標準的分子力學(xué)及動力學(xué)程序，研究多種分子(從小分子配體到多組分的復(fù)合物)的熱力學(xué)及動力學(xué)特性。基于哈佛的CHARMM模擬引擎，CHARMm不斷開發(fā)升級并增加最新的功能。另外，因為CHARMm也可在同一界面用于Discovery Studio里基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計模塊中，因此很容易進行蛋白、配體、蛋白和配體復(fù)合物的計算及分析，也可以更加靈活地利用CHARMm的編程功能，加快藥物發(fā)現(xiàn)?；贑HARMm的對接算法CDOCKER用于柔性分子對接，在此基礎(chǔ)上，利用CHARMm還可以進行考慮藥效團限制的分子對接。同時通過熵的計算可以進一步提高MM-GBSA和MM-PBSA受體-配體結(jié)合自由能計算的準確性。CHARMm帶有的stand-alone輸入工具，可讓用戶在批處理模式下利用CHARMm力場及自動參數(shù)預(yù)測功能確定整個化合物庫中化合物的力場類型。合適的力場，PME靜電模型和溶劑化時添加對應(yīng)離子的能力確保準確的核酸模擬研究。用戶可以使用CHARMm組件定制復(fù)雜的模擬流程，也可以將該流程與其它計算應(yīng)用軟件整合在一起使用。

7、分析模塊

·DS Biopolymer

DS Biopolymer模塊整合了Delphi功能，為用戶提供操作簡單易學(xué)而且實用的模型搭建以及靜電勢分析工具。DS Biopolymer可用于搭建和修飾蛋白質(zhì)和小肽分子、將蛋白質(zhì)復(fù)合物分成不同的組分、快速產(chǎn)生肽類或蛋白質(zhì)分子的性質(zhì)分析報告、計算大分子和小分子的靜電勢分布和溶劑化能以及蛋白氨基酸殘基pK值的計算等方面。DS Biopolymer產(chǎn)生的小分子以及生物大分子模型可以在Discovery Studio其他模塊中進行進一步的分析。

·DS Analysis

結(jié)果分析和顯示模塊。能夠分析和顯示蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)與配體復(fù)合物的分子動力學(xué)軌跡文件，包括對軌跡進行主成分分析，計算徑向分布函數(shù)等。可以將蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物的軌跡文件以動態(tài)、曲線圖和表格的方式表現(xiàn)出來。Analysis模塊可以幫助用戶地理解酶催化機制、受體激活以及細胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程中分子構(gòu)象與能量間的相互影響。在研究受體-配體相互作用時，能夠?qū)Ψ肿訉拥慕Y(jié)果進行快速聚類分析。