R語(yǔ)言繪制維恩圖ggvenn示例詳解
更新時(shí)間：2022年06月24日 09:13:44 作者：Wei_Sun
這篇文章主要為大家介紹了R語(yǔ)言繪制維恩圖ggvenn示例詳解，有需要的朋友可以借鑒參考下，希望能夠有所幫助，祝大家多多進(jìn)步，早日升職加薪
引言
韋恩圖，Venn diagram，常用圖的一種，用來(lái)展示集合之間的特異性和共同性?，F(xiàn)在有很多在線的網(wǎng)站都可以繪制，但是R來(lái)畫也方便，其中g(shù)gvenn是基于ggplot2的專門繪制韋恩圖的R包。
官方網(wǎng)站：https://github.com/yanlinlin82/ggvenn
1.安裝
ggvenn在CRAN上，直接用Install.packages就可以完成安裝：
> install.packages("ggvenn")
> library(ggvenn)
2.基礎(chǔ)用法
ggvenn支持list和data.frame兩種數(shù)據(jù)格式。這里以三個(gè)基因文件為例：
讀取三個(gè)基因文件：
> set1<-read.csv("gene_a.csv")
> set2<-read.csv("gene_b.csv")
> set3<-read.csv("gene_c.csv")
提取每個(gè)文件的基因id，創(chuàng)建list：
> dat <- list( A = set1$gene_id, B = set2$gene_id, C = set3$gene_id)
繪圖：
> ggvenn(dat)
繪制部分list：
> ggvenn(dat, c("A", "B"))
3.圖形美化
填充
- fill_color：填充顏色
- fill_alpha：填充透明度
邊框
- stroke_color：邊框顏色
- stroke_alpha：邊框透明度
- stroke_size：邊框粗細(xì)
- stroke_linetype：邊框線的類型
集合名
- set_name_color：集合名顏色
- set_name_size：集合名字號(hào)
集合內(nèi)文本
- text_color：文本顏色
- text_size：文本字號(hào)
百分比
- show_percentage：TRUE or FALSE
> ggvenn(dat,show_percentage = T,
stroke_color = "white",
stroke_size = 0.5,
fill_color = c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"),
set_name_color =c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"),
set_name_size = 15,text_size=6)
4.提取交集部分并輸出
> A_B <- as.data.frame(intersect(set1$gene_id, set2$gene_id)) > write.csv(A_B,"A_B_common_gene.csv",row.names = F)
以上就是R語(yǔ)言繪制維恩圖ggvenn示例詳解的詳細(xì)內(nèi)容，更多關(guān)于R繪制維恩圖ggvenn的資料請(qǐng)關(guān)注腳本之家其它相關(guān)文章！
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