R語(yǔ)言繪制Facet violin plot小提琴刻面圖實(shí)現(xiàn)示例
老鐵們,許久未見(jiàn)啦。順便說(shuō)一下,最近可不是小仙同學(xué)偷懶喲,電腦上個(gè)月送修今天剛剛拿回來(lái)(想買(mǎi)聯(lián)想Yoga的同學(xué)先問(wèn)問(wèn)自己會(huì)不會(huì)拆電腦換排線(xiàn),我買(mǎi)的這臺(tái)用了一個(gè)月,送修也用了一個(gè)月 )。
最近我可攢了個(gè)大招呢,先來(lái)看看下面這張圖,有沒(méi)有很眼熟呢?
這張圖在開(kāi)始介紹R語(yǔ)言的時(shí)候就出現(xiàn)過(guò)啦,不過(guò)小仙同學(xué)當(dāng)時(shí)并不知道怎么畫(huà)。今天可以秀一把啦。
Step1. 繪圖數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備
老樣子,準(zhǔn)備好要作圖的csv文件。
數(shù)據(jù)的格式如下圖:列表示一種變量(特征),第一行是列名
a1~a9表示9種基因,TypeA~TypeC表示三種不同的細(xì)胞
Step2. 繪圖數(shù)據(jù)的讀取
data<-read.csv(“your file path”, header = T) #注釋?zhuān)篽eader=T表示數(shù)據(jù)中 的第一行是列名,如果沒(méi)有列名就用header=F
Step3.繪圖所需package的安裝、調(diào)用
#注釋?zhuān)捍蠹乙⒁饨裉煲玫膒ackage安裝比較特別喲 install.packages("devtools") library(devtools) install_github("kassambara/easyGgplot2") library(easyGgplot2) #注釋?zhuān)航裉爝€要用到一個(gè)新的函數(shù),reshape2里的melt函數(shù),可以把寬數(shù)據(jù)變成長(zhǎng)數(shù)據(jù) install.package("reshape2") library(reshape2) df<-melt(data,id.vars = c("type"))
Step4. 繪圖
ggplot2.violinplot(data=df,xName='variable',yName='value', #注釋?zhuān)簒Name表示x軸變量,yName表示y軸變量 groupName='variable', legendPosition="top", faceting=TRUE,facetingVarNames="type")
Step5.美化
ggplot2.violinplot(data=df,xName='variable',yName='value', groupName='variable', legendPosition="top", backgroundColor="white", removePanelGrid=TRUE, axisLine=c(0.5, "solid", "black"), faceting=TRUE, facetingVarNames="type")
Ps:如果想去掉邊框可以加上這一句removePanelBorder=TRUE
到這里已經(jīng)可以完成facet violin plot了,那么問(wèn)題來(lái)了,怎么才能讓圖片變成下圖這個(gè)樣子呢?小仙同學(xué)用了個(gè)很笨的方法,下次分享揭曉答案喲!
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