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R語言數(shù)可視化Split?violin?plot小提琴圖繪制方法

 更新時間：2022年02月17日 14:37:43   作者：黃小仙  
這篇文章主要為大家介紹了R語言數(shù)可視化Split?violin?plot小提琴圖繪制方法，有需要的朋友可以借鑒參考下，希望能夠有所幫助，祝大家多多進步

最近小仙同學在好幾篇文獻里看到了這種小提琴圖，暫時就膚淺地認為這是作者為了更好地比較對照組與實驗組的差別，所以將同一個基因的小提琴圖各畫了一半，放在一起。為了跟上可視化的潮流，小仙也來嘗試畫一下這個沒查到正經(jīng)名字的圖。

Step1. 繪圖數(shù)據(jù)的準備

首先要把你想要繪圖的數(shù)據(jù)調(diào)整成R語言可以識別的格式，建議大家在excel中保存成csv格式。
作圖數(shù)據(jù)格式如下：

Step2. 繪圖數(shù)據(jù)的讀取

data<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注釋：header=T表示數(shù)據(jù)中的第一行是列名，如果沒有列名就用header=F

Step3. 繪圖所需package的安裝、調(diào)用

library(ggunchained) 
library(reshape2)              
# 注釋：package使用之前需要調(diào)用
# 注釋：今天用的ggunchained是ggplot2一個拓展包，今天要用的函數(shù)geom_split_violin()需要調(diào)用這個包，
# ggunchained安裝語句： library(devtools)  install_github("JanCoUnchained/ggunchained")
# devtools安裝語句：install. packages("devtools")

Step4. 繪圖

data_melt<-melt(data,id.vars = "Sample")
# 注釋：將原始的寬數(shù)據(jù)變成長數(shù)據(jù)，方便畫圖
p<-ggplot(data_melt,aes(x=variable,y=value,fill=Sample))+geom_split_violin()
p

Step5. 美化

p<-ggplot(data_melt,aes(x=variable,y=value,fill=Sample))+geom_split_violin()+
  scale_fill_manual(values = c("#7697CB","#D293C1"))+
  theme_bw()
p

其實今天的畫圖語句也比較簡單，關(guān)鍵就是找到了合適的包以及函數(shù)，這就不得不贊一下開源軟件R的優(yōu)勢，對于初學者非常友好，不需要精通編程也可以做成很多事情。

對圖片質(zhì)量要求比較高、想讓小提琴圖取消變平滑的朋友，可以參考我之前的分享《R語言繪圖技巧導(dǎo)出高清圖方法》，今天的分享就到這里啦，更多關(guān)于R語言繪圖Split violin plot的資料請關(guān)注腳本之家其它相關(guān)文章！

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