R語言入門使用RStudio制作包含Rcpp代碼的R包
前面博客中有提及,當我們進行模擬想要再次進行提速時,通常都會使用Rcpp將我們的R代碼改成C++代碼。具體Rcpp的使用可參考博客:Rcpp入門R代碼提速方法過程,R語言學習RcppEigen進行矩陣運算。
平時在我們使用的時候,直接使用Rcpp::sourceCpp()
就可以直接將我們的C++代碼中的函數(shù)進行導入,這不會遇到什么問題,但如果我們想要使用snowfall
進行并行時就不能再這樣做了。遇到的問題在博客中有進行說明:R中兩種常用并行方法——2. snowfall。
而解決這個問題的有效途徑,就是將我們的Rcpp代碼進行打包,然后再對包進行調用。下面我們就來介紹:如何使用RStudio制作包含Rcpp代碼的R包。
1. 創(chuàng)建項目
首先我們進入RStudio
,然后選擇左上角的File
—New Project
。
新建Project后會得到如下圖所示的界面,我們接著選New Directory
,
再選擇R Package
,
最后在得到如下所示的界面后,我們在Package Name
中輸入我們包的名稱,然后再在下面選擇Add
,將我們的.cpp
格式的C++文件選擇進去(里面是我們的函數(shù))。最后點擊Create package
,即可創(chuàng)建一個R包的project了。
創(chuàng)建完之后,RStudio
會彈出一個新的界面,如下圖所示。
然后我們需要對下述界面里面的一些配置文件進行一定的修改,然后才能完善我們的R包。
2. 修改一些文件
從上面界面的右下角的Files
框框中,可以發(fā)現(xiàn)已經(jīng)多出了很多文件,包括DISCRIPTION
等文件以及man
、R
、src
三個文件夾。
在R
文件夾中存的是R代碼,src
文件夾中是C++代碼(包括我們之前添加的C++代碼)。
可能你的C++代碼中只有添加進去.cpp
文件,由于我的代碼中不止使用了#include <Rcpp.h>
,還有使用#include <RcppEigen.h>
,這里注意,一定需要在DISCRIPTION
文件的最后添加下面兩行(尤其是LinkingTo,不然會編譯失?。?/p>
Imports: Rcpp LinkingTo: Rcpp, RcppEigen
此外還可以在DISCRIPTION
文件,添加一些作者姓名等一些重要信息。
直接點開DISCRIPTION
文件,會如上圖所示,我們直接進行修改即可。這里需要注意一下,Imports
里面涉及到軟件的版本,是根據(jù)你R中現(xiàn)有包的版本來,如果想讓更多的電腦使用,在不影響程序使用的前提下,可以適當降低依賴包的版本。
3. 打包
最后一步就是打包,這里介紹兩種打包方式:
選擇上方的Build
——Build Source Package
點擊右上角的Build
中的Build & Reload
第一種方法打包成功后,當下面出現(xiàn)DONE
字樣時,說明包會在默認路徑下安詳?shù)靥芍恕?br />
第二種方法打包成功后會自動library
載入。
4. 使用Eigen或其它依賴庫會出現(xiàn)的問題
如果我們再.cpp
文件中使用的不止有Rcpp
庫,還有別的庫,比如說Eigen
。這時需要注意,用上面的方法打包是失敗的,會顯示沒有Eigen這個庫。
這個解決的方法也很簡單,直接在DISCRIPTION
文件的LinkTo后面加上RcppEigen
即可,如下圖所示:
可能遇到的其他問題 制作R包后載入包內函數(shù)時,出現(xiàn) “…” not available for .Call() for package “…” 錯誤
問題解決傳送門
R包制作后出現(xiàn)not available for錯誤問題解決
最后,就可以開心地享用新鮮出爐的包來做snowfall并行或者發(fā)給別人使用啦!
以上就是R語言入門使用RStudio制作包含Rcpp代碼的R包的詳細內容,更多關于RStudio制作Rcpp代碼R包的資料請關注腳本之家其它相關文章!
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