使用ITK-SNAP進行摳圖操作并保存mask的實例
更新時間：2020年07月01日 11:13:54 作者：云端淺藍
這篇文章主要介紹了使用ITK-SNAP進行摳圖操作并保存mask的實例，具有很好的參考價值，希望對大家有所幫助。一起跟隨小編過來看看吧
問題描述：
想要去掉圖像背景,只保留中心部分
目標：
1.利用ITK-SNAP制作二值化標簽(即mask)
2.利用軟件ITK-SNAP把一幅圖像中自己想要的部分摳出來
步驟:
1.保存mask
打開ITK-SNAP ,這是一款可以方便進行勾畫操作,制作標簽的軟件
1.點擊勾畫按鈕
2.在圖像中選點進行勾畫
3.勾畫完成后點擊accept,可以看到所勾畫的區(qū)域被標簽顏色所覆蓋
4.滾動鼠標滾輪到下一層(對于3D圖像),繼續(xù)勾畫
tips:點擊"paste last polygon"按鈕使用上一層的勾畫結(jié)果,拖動勾畫框可以進行修改
5.勾畫完成后按ctrl+S保存圖像,此時所保存的即為二值化的mask(標簽)
(背景部分是0,高亮區(qū)域是設(shè)定的label值,這里為1)
2.提取目標區(qū)域（摳圖）
思想：將保存的二值化mask與原圖像做點乘，就可以將去除無關(guān)背景，得到中心區(qū)域的目標圖像
方法：（對于nii格式的圖像）
import nibabel as nib
import numpy as np
index = list(['1','14','4','5','7','70','148'])#一共7張待處理圖像
for i in range (len(index)):
#圖像位置
nii_file = '/home/YinXiaolong/1909/MRBrainS18_data/training_corrected_selected/'+index[i]+'/data/reg_IR.nii.gz'
nii_file2 = '/home/YinXiaolong/1910/mask_multiple/mask/' +'mask'+ index[i]+ '.nii.gz'
#載入圖像
img = nib.load(nii_file).get_fdata()
img2 = nib.load(nii_file2).get_fdata()
#兩幅圖像相乘
img3 = np.multiply(img,img2)
#將矩陣轉(zhuǎn)換為nii
array_img = nib.Nifti1Image(img3,None)
#保存并導出
nib.save(array_img, 'reg_IR'+'_'+index[i]+'.nii')
print('img'+index[i]+'Done')
對于一般格式圖像利用numpy中的img = np.multiply(img1,img2)進行兩幅圖像的點乘即可。
以上這篇使用ITK-SNAP進行摳圖操作并保存mask的實例就是小編分享給大家的全部內(nèi)容了，希望能給大家一個參考，也希望大家多多支持腳本之家。
相關(guān)文章
今天小編就為大家分享一篇python 獲取當天每個準點時間戳的實例，具有很好的參考價值，希望對大家有所幫助。一起跟隨小編過來看看吧2018-05-05
這篇文章主要介紹了pycharm2020.2 配置使用的方法，本文通過圖文并茂的形式給大家介紹的非常詳細，對大家的學習或工作具有一定的參考借鑒價值,需要的朋友可以參考下2020-09-09
學會Python數(shù)據(jù)可視化必須嘗試這7個庫
數(shù)據(jù)可視化是使用一些繪圖和圖形更詳細地理解數(shù)據(jù)的過程.最著名的庫之一是 matplotlib,它可以繪制幾乎所有您可以想象的繪圖類型.matplotlib 唯一的問題是初學者很難掌握.在本文中,我將介紹七個數(shù)據(jù)可視化庫,你可以嘗試使用它們來代替 matplotlib ,需要的朋友可以參考下2021-06-06
這篇文章主要介紹了Python中使用logging模塊打印log日志詳解,本文講解了logging模塊介紹、基本使用方法、高級使用方法、使用實例等,需要的朋友可以參考下2015-04-04
Pytorch Conda環(huán)境下載慢換源/刪源/恢復(fù)默認源的簡單操作
隨著實驗增多,需要分割創(chuàng)建環(huán)境的情況時有出現(xiàn),在此情況下使用conda create --name xx python=3.10 pytorch torchvision pytorch-cuda -c nvidia -c pytorch -y這樣的指令創(chuàng)建時如果不換源,往往下載速度很慢,本文介紹了解決辦法,需要的朋友可以參考下2024-07-07
Django 是一個開放源代碼的 Web 應(yīng)用框架，由 Python 寫成，今天通過本文給大家介紹python Django框架快速入門教程，適用后臺管理，感興趣的朋友跟隨小編一起看看吧2021-07-07
這篇文章主要介紹了python讀取與寫入tif圖片的完整信息,本文給大家介紹的非常詳細，對大家的學習或工作具有一定的參考借鑒價值，需要的朋友可以參考下2023-05-05
這篇文章主要為大家詳細介紹了python版微信跳一跳游戲輔助，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們可以參考一下2018-01-01
如何在keras中添加自己的優(yōu)化器(如adam等)
這篇文章主要介紹了在keras中實現(xiàn)添加自己的優(yōu)化器(如adam等)方式，具有很好的參考價值，希望對大家有所幫助。一起跟隨小編過來看看吧2020-06-06
Python的Flask框架中使用Flask-Migrate擴展遷移數(shù)據(jù)庫的教程
Flask-Migrate可以幫助Flask應(yīng)用程序通過預(yù)設(shè)的Python腳本完成數(shù)據(jù)庫遷移操作,這里我們就來看一下Python的Flask框架中使用Flask-Migrate擴展遷移數(shù)據(jù)庫的教程,需要的朋友可以參考下2016-06-06