python使用nibabel和sitk讀取保存nii.gz文件實(shí)例
nii.gz格式是醫(yī)學(xué)圖像常用的壓縮格式，python中可用nibabel和sitk來讀取保存。
使用nibabel
由于使用nibabel圖像會(huì)旋轉(zhuǎn)90度，所以讀取保存的時(shí)候還得保存映射信息，3維圖像格式為（z, y, x）
讀取nii.gz文件
img = nib.load('xxxxx.nii.gz')
img_affine = img.affine
img = img.get_data()
保存nii.gz文件
nib.Nifti1Image(img,img_affine).to_filename('xxxxx.nii.gz')
使用sitk
使用sitk讀取nii時(shí)，讀取出來的還是圖片格式，可以使用他自帶的函數(shù)進(jìn)行處理，不過速度比較慢，建議使用GetArrayFromImage轉(zhuǎn)換成numpy格式再處理，3維圖像格式為（x, y, z）
讀取nii.gz文件
img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')
img = sitk.GetArrayFromImage(img)
保存nii.gz文件
out = sitk.GetImageFromArray(img)
sitk.WriteImage(out,'xxxxx.nii.gz')
在numpy數(shù)組和nibabel或sitk中相互轉(zhuǎn)換時(shí)，要注意數(shù)據(jù)的格式，一般保存為int或uint類型。比如輸入nii為16位有符號(hào)整型時(shí)，我們可能需要轉(zhuǎn)換成0~255灰度圖，可用如下代碼：
img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')
img = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(img),sitk.sitkUInt8)
img = sitk.GetArrayFromImage(img)
補(bǔ)充知識(shí)：SimpleITK保存Nii文件與錯(cuò)誤處理方式
Reason:
把處理好的分割結(jié)果保存為nii文件，用ITKsnap讀取時(shí)出現(xiàn)了如下錯(cuò)誤。
SimpleITK讀取和保存Nii文件
1. 讀取
import SimpleITK as sitk filename = './xxx.nii' ct = sitk.ReadImage(filename) ct_array = sitk.GetArrayFromImage(ct) origin =ct.GetOrigin() direction = ct.GetDirection() space = ct.GetSpacing()
2. 保存
savedImg = sitk.GetImageFromArray(ct_array) savedImg.SetOrigin(origin) savedImg.SetDirection(direction) savedImg.SetSpacing(space) sitk.WriteImage(savedImg, saved_name)
Note：被保存的ct_array數(shù)組一定是ndarray，float類型的才能被ITKsnap正確讀取，如果是int類型的，就會(huì)出現(xiàn)上圖中的錯(cuò)誤。
以上這篇python使用nibabel和sitk讀取保存nii.gz文件實(shí)例就是小編分享給大家的全部?jī)?nèi)容了，希望能給大家一個(gè)參考，也希望大家多多支持腳本之家。
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