python實現(xiàn)批量nii文件轉(zhuǎn)換為png圖像
更新時間：2019年07月18日 14:59:17 作者：無寵不驚過一生
這篇文章主要介紹了python實現(xiàn)批量nii文件轉(zhuǎn)換為png圖像，文中通過示例代碼介紹的非常詳細，對大家的學(xué)習(xí)或者工作具有一定的參考學(xué)習(xí)價值，需要的朋友們下面隨著小編來一起學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)吧
之前介紹過單個nii文件轉(zhuǎn)換成png圖像：
http://chabaoo.cn/article/165693.htm
這里介紹將多個nii文件（保存在一個文件夾下）轉(zhuǎn)換成png圖像。且圖像單個文件夾的名稱與nii名字相同。
import numpy as np
import os #遍歷文件夾
import nibabel as nib #nii格式一般都會用到這個包
import imageio #轉(zhuǎn)換成圖像
def nii_to_image(niifile):
filenames = os.listdir(filepath) #讀取nii文件夾
slice_trans = []
for f in filenames:
#開始讀取nii文件
img_path = os.path.join(filepath, f)
img = nib.load(img_path) #讀取nii
img_fdata = img.get_fdata()
fname = f.replace('.nii','') #去掉nii的后綴名
img_f_path = os.path.join(imgfile, fname)
#創(chuàng)建nii對應(yīng)的圖像的文件夾
if not os.path.exists(img_f_path):
os.mkdir(img_f_path) #新建文件夾
#開始轉(zhuǎn)換為圖像
(x,y,z) = img.shape
for i in range(z): #z是圖像的序列
silce = img_fdata[i, :, :] #選擇哪個方向的切片都可以
imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path,'{}.png'.format(i)), silce)
#保存圖像
if __name__ == '__main__':
filepath = 'nii的文件夾'
imgfile = 'image的文件夾'
nii_to_image(filepath)
代碼是我自己寫的，用于處理ADNI的nii格式完全有效。
以上就是本文的全部內(nèi)容，希望對大家的學(xué)習(xí)有所幫助，也希望大家多多支持腳本之家。
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